京都線用の1300系と神宝線用の1000系は類似する点も多いですが、細部に差異が見られます。
車体の長さは、1000系が先頭車18,480mm、中間車18400mmに対し、1300系では先頭車18,380mm、中間車18,300mmと、1300系の方が100mm短くなっています。両形式とも扉中心間の距離は同じで、車体長の差は車端部の窓から妻面までの距離の違いに現われます。車体の幅も1000系が2,730mm（最大幅は2,770mm）に対し、1300系は2,780mm（最大幅は2,825mm）となっています。今回の1300系では、車体も専用の金型として両形式の僅かな差を再現いたします。